Como gerar uma Folha de Pagamento por Departamento
No menu Exibir, selecione Ir para | Visão;
Marque a opção "Organização - Departamento" e clique no botão Aplicar;
Verifique se todos os funcionários estão vinculados aos seus respectivos departamentos (veja explicação em 'Como vincular um funcionário ao Departamento e/ou Seção');
Selecione no menu Cálculos o item Folha de Pagamento e clique no botão Iniciar;
No menu Relatórios, selecione o item Folha de Pagamento;
Marque a opção "Totais por Departamento" (também é possível imprimir Totais por Seção, basta marcar a opção abaixo);
Clique no botão Imprimir.