De acordo com o Artigo 86 do Regulamento da Previdência Social (Decreto nº 3.048 de 06/05/1999 - DOU 07/05/1999; Atualizado em Fevereiro/2008), em casos de afastamento do funcionário, o salário-família deverá ser pago da seguinte forma:

Art.86. O salário-família correspondente ao mês de afastamento do trabalho será pago integralmente pela empresa, pelo sindicato ou órgão gestor de mão-de-obra, conforme o caso, e o do mês da cessação de benefício pelo Instituto Nacional do Seguro Social.

No sistema de Folha de Pagamento é necessário registrar o dependente de salário-família em 'Mais Cadastro | Dependentes' nos blocos 'Quantidade de Dependentes para...Salário-Família' e 'Dados dos Dependentes' para que a cota de salário-família seja apurada corretamente. Veja a seguir:

O salário-família é devido na proporção do respectivo número de filhos ou equiparados, até 14 anos de idade ou inválido de qualquer idade, desde que os respectivos salários-de-contribuição sejam iguais ou inferiores ao limite fixado por lei.